SSH utiliza um poderoso método de criptografia chamado de Public Key Cryptography que fornece autenticação e encriptação entre os hosts (cliente e servidor) de maneira que nenhum password e nenhum envio de dados sejam facilmente interceptados por outros hosts.Esse método usa uma chave pública (public key) para encriptação dos dados e uma chave privada (private key) para desencriptação. Assim, antes de o PC do João estabelecer conexão com o Mac da Joana, eles passam por um processo de "reconhecimento"de troca de chaves públicas: o PC envia sua chave pública para o Mac reconheçe-la, e o Mac faz o mesmo com o PC. Feita a troca, a comunicação pode ser feita com segurança.